Όταν όμως ο Νικόλαος γύρισε στα Βουρλά, πληροφορήθηκε ότι η μητέρα του ζούσε και έτρεξε με χαρά κοντά της. Η ευσεβής μητέρα, όταν είδε με τούρκικα ρούχα τον γιο της, τον έδιωξε λέγοντας του ότι, εγώ δεν γέννησα Τούρκο αλλά Νικόλαο Χριστιανό. Τότε ο Νικόλαος κατάλαβε το αμάρτημα του και μετά από ένα ταξίδι στη Σμύρνη – Κωνσταντινούπολη – Βλαχία και πάλι στη Σμύρνη, εξομολογήθηκε σ’ έναν Αγιορείτη μοναχό, και με την ευλογία του πήγε στο Άγιο Όρος. Εκεί κατέληξε στη Σκήτη της Αγίας Άννας, κοντά στον πατριώτη του μοναχό Χατζή Στέφανο, όπου έγινε μοναχός με το όνομα Νεκτάριος.

Ο πόθος όμως του μαρτυρίου έκαιγε μέσα στην καρδιά του. Έτσι με τις ευλογίες του πνευματικού του έφυγε να μαρτυρήσει, με τη συνοδεία του οσιοτάτου χειραγωγού του Στεφάνου.

Όταν έφτασαν στην πατρίδα τους τα Βουρλά, ο Νεκτάριος παρουσιάστηκε στον κριτή και αφού έριξε το φέσι του κατά γης είπε: «Πάρτε τα σημάδια της πίστης σας, εγώ χριστιανός Νικόλαος γεννήθηκα και χριστιανός θέλω να πεθάνω». Παρά τις όλες κολακείες και τα βασανιστήρια, ο Νεκτάριος έμεινε αμετακίνητος στην πίστη του. Έτσι τον αποκεφάλισαν στις 11 Ιουλίου 1820 μ.Χ.